Droga do kapłaństwa młodego Jakuba była dość prosta i przejrzysta. Jako 6-letni chłopiec zaczął naukę w Siemiatyczach, skąd po 1-rocznym pobycie wysłany został do 6-cio letniej szkoły podwydziałowej w Drohiczynie, gdzie następnie wstępuje do zakonu księży pijarów. Będąc wzorowym uczniem szybko daje poznać niezwykłe zdolności  i skierowany zostaje na studia humanistyczne do Szczuczyna, a potem na filozofię i teologię do Łomży.
Już jako kleryk w 1796 r. zostaje nauczycielem w szkole w Szczuczynie, a jako diakon wygłasza w szczuczyńskim kościele przepiękne kazania. Święcenia kapłańskie przyjmuje w 1800 r. z rąk biskupa płockiego Onufrego Szembeka. W 1802 r. przypadkowo poznany głuchoniemy chłopiec Piotr Gąsowski zmienia diametralnie życie ks. Falkowskiego. Wrażliwy kapłan, zdolny i ambitny nauczyciel nie może przejść obojętnie obok nieszczęścia dziecka zamkniętego w świecie ciszy i odizolowanego od społeczeństwa ścianą niezrozumienia. Zabiera go więc ze sobą do Drohiczyna i próbuje nauczyć podstaw porozumiewania się pokonując barierę głuchoty i niemowy. Następnie ks. Jakub zostaje skierowany na studia do Berlina. Po 15 miesięcznych studiach w Berlinie będąc nauczycielem w podwydziałowej szkole w Drohiczynie dobiera jeszcze dwóch głuchoniemych chłopców i pracuje z nimi poświęcając im całego siebie. Z takim oddaniem pracując młody ks. Falkowski szybko osiąga wyniki i zdobywa uznanie w Warszawie, gdzie na posiedzeniu Izby Edukacyjnej w 1809 r. przedstawia swoje osiągnięcia. Wtedy też najprawdopodobniej powstaje myśl o założeniu instytutu dla głuchoniemych. W roku 1815 dyrektor Ministerstwa Edukacji Narodowej – Stanisław Potocki, wysyła ks. Falkowskiego do Wiednia w celu zapoznania się z metodami pracy z głuchoniemymi. W swoją podróż ks. Falkowski zabiera trzech nauczanych przez siebie chłopców: Piotra Gąsowskiego, Franciszka Chodorowskiego i Żyda - Józefa Neumarka. Tam przebywa z nimi 2 lata. Równocześnie ks. Falkowski pisze rozprawę doktorską o nauczaniu głuchoniemych i w 1816 r. uzyskuje na Uniwersytecie Jagiellońskim doktorat, po czym zostaje wyznaczony na rektora szkoły szczuczyńskiej, aby następnie w dniu 12 czerwca  1816 r. otrzymać nominację na dyrektora tworzonego przez siebie Początkowego Instytutu dla Głuchoniemych i Ociemniałych w Szczuczynie. W lecie 1817 r. ks. Falkowski koronuje własne starania i uzyskuje zgodę na zwolnienie z funkcji rektora szkoły szczuczyńskiej, aby móc przenieść instytut do Warszawy. 23 października 1817 r. odbywa się uroczysta inauguracja Instytutu dla Głuchoniemych w Warszawie. Działalność ks. Falkowskiego zostaje doceniona przez Warszawskie Towarzystwo Przyjaciół Nauk, które 3 maja 1818 r. wręcza mu złoty medal za organizację edukacji głuchoniemych.Marzeniem ks. Falkowskiego było wybudowanie własnego gmachu instytutu. W 1826 r. po uzyskaniu dotacji ze skarbu Królestwa Polskiego i zezwolenia na zbieranie składek na terenie całego kraju, doprowadza do położenia kamienia węgielnego pod gmach instytutu na Placu Trzech Krzyży w Warszawie.

W tym czasie ks. Falkowski jest bardzo czynny: rektoruje instytutowi i nadzoruje budowę nowego gmachu, administruje parafią na Solcu, potem św. Aleksandra budując jednocześnie kościół. Instytut i wybudowana przez niego świątynia służą ludziom do dzisiaj, a Plac Trzech Krzyży w Warszawie kojarzy się przede wszystkim z ks. Falkowskim właśnie, który pracując nad siły szybko nadweręża swoje zdrowie.Umiera 2 września 1848 r., a jego uroczysty pogrzeb odbywa się 4 września w kościele św. Aleksandra, w którego podziemiach zostają złożone doczesne szczątki ks. Falkowskiego.

Zdolności i wrażliwości serca ks. Falkowskiego głuchoniemi zawdzięczają powstanie pierwszego dla nich instytutu na ziemiach polskich, a sam ks. Falkowski stał się niedoścignionym wzorem kapłana, nauczyciela i wychowawcy oraz prekursorem polskiej pedagogiki rewalidacyjnej. Pochodził z naszej ziemi, trudno więc byłoby znaleźć lepszego patrona, z którego ideałami mogłaby utożsamiać się nasza szkoła. Jego ponadczasowe słowa stały się swoistą regułą i drogowskazem dla nauczycieli tu pracujących.

Tak mówił ks. Falkowski o pracy nauczycielskiej: „Trzeba osłonić się tarczą cierpliwości nadzwyczajnej, trzeba wyrzec się odpoczynku i wygody; trzeba połączyć razem: troskliwość ojca i matki, przywiązanie najszczerszego przyjaciela i uległość najniższego sługi; (...) trzeba zamknąć swe oczy na wszelkie ponęty korzyści ubocznych; trzeba obwarować swe uszy, aby przez nie pochwały i nagany, wciskając się do serca nadymać go i upadlać nie zdołały; trzeba zapomnieć o sobie, a ustawicznie być bacznym na obowiązek”.